Діагностика уреаплазмозу часто може викликати деякі складнощі. Відбувається це з деякого ряду причин. Перша з них полягає в тому, що уреаплазми можуть бути в складі природного біологічного середовища сечостатевих шляхів абсолютно здорової людини і можуть сприяти появі будь-яких патологічних процесів тільки при конкретному збігу обставин. Виходячи з цього, виявлення в сечостатевих шляхах пацієнта збудників захворювання не завжди є ознакою наявності у нього самої хвороби. Більше значення в діагностиці даного захворювання має не те, чи є уреаплазми в статевих шляхах або який час вони там знаходяться, а то в якій кількості вони там є і яка їх поширеність по відділах сечостатевого тракту. Тільки в тому випадку, якщо збудники знайдені у людини у великій кількості, і у хворого яскраво виражені всі зовнішні симптоми захворювання, можна говорити про діагноз і про необхідність терапії інфекції. Друга причина заснована на тому, що в разі знаходження великої кількості збудників захворювання для остаточного складання точного діагнозу досвідчений фахівець неодмінно перевірить людину на наявність інших інфекцій, що передаються статевим шляхом. Найчастіше уреаплазмоз є вторинною інфекцією при таких хворобах як хламідіоз, герпес, гонорея, трихомоноз. У такій ситуації в першу чергу необхідно почати лікування первинної інфекції. Хоча, іноді трапляється і так і так, що, навпаки, перераховані вище інфекції сприяють появі даного захворювання і бувають вторинними по відношенню до нього. Також хвороба може поєднуватися з гарднереллами і мікоплазмами. Для діагностики захворювання лікар зазвичай застосовує комбінацію діагностичних методів. Виявити, чи є в організмі збудник хвороби, можна за допомогою аналізів. Для того щоб жінці здати такі аналізи, слід піти на прийом до гінеколога, а чоловікові - до уролога.
